Les virus sont reconnus comme des acteurs majeurs des écosystèmes planctoniques. Ils régulent et modifient la diversité génétique de leurs hôtes et représentent eux-mêmes le plus important réservoir de biodiversité de la planète. Les virus géants à ADN double brin infectant les algues, les Phycodnaviridae, sont de bons candidats pour une telle étude, car il existe à leur sujet des données génomiques et des études préliminaires sur leur diversité. Les prasinovirus sont les virus des prasinophytes, une composante importante du picoplancton photosynthétique des océans. Le système algue-virus prasinophyteprasinovirus a l’avantage d’inclure des hôtes et des virus dont le génome est complètement séquencé, en particulier dans le golfe du Lion. Au cours de ce projet, nous avons identifié des souches de virus de nouveaux hôtes, nous séquencerons leur génome, ce qui permettra notamment une meilleure interprétation des données de diversité obtenues. Les prasinophytes dans le golfe du Lion sont principalement composés de trois genres, Ostreococcus, Micromonas, et Bathycoccus, et au moins un génome complet par genre est disponible. On possède ainsi pour ce système hôte-virus, les outils génomiques permettant la caractérisation de la diversité virale. Son étude dans des environnements contrastés, permet d’estimer l’influence des facteurs environnementaux sur la diversité des virus.
C’est l’objectif du projet DECOVIR. La diversité génétique des hôtes est également mesurée de la même façon, et incluse dans l’analyse. Ce projet combine des données génomiques récentes avec les techniques de séquençage de nouvelle génération, afin d’obtenir une image précise de la diversité d’un groupe de virus, son évolution dans le temps, et ses liens avec les facteurs environnementaux.
Retombées et perspectives :
- Publications scientifiques en cours
- 2 communications dans des congrès internationaux
