DECOVIR

En cours

Diversité des prasinovirus et contrôle par les facteurs environnementaux

Les virus sont reconnus comme des acteurs majeurs des écosystèmes planctoniques. A travers la lyse (désintégration de la membrane d'une cellule biologique) de micro-organismes, ils court-circuitent les cycles biogéochimiques et les affectent à un niveau global.

Les virus sont reconnus comme des acteurs majeurs des écosystèmes planctoniques. Ils régulent et modifient la diversité génétique de leurs hôtes et représentent eux-mêmes le plus important réservoir de biodiversité de la planète. 

Les virus géants à ADN double brin infectant les algues, les Phycodnaviridae, sont de bons candidats pour une telle étude, car il existe à leur sujet des données génomiques et des études préliminaires sur leur diversité. Les prasinovirus sont les virus des prasinophytes, une composante importante du picoplancton photosynthétique des océans. Le système algue-virus prasinophyte-prasinovirus a l’avantage d’inclure des hôtes et des virus dont le génome est complètement séquencé, en particulier dans le golfe du Lion. Au cours de ce projet, nous avons identifié des souches de virus de nouveaux hôtes, nous séquencerons  leur génome, ce qui permettra notamment une meilleure interprétation des données de diversité obtenues.

Les prasinophytes dans le golfe du Lion sont principalement composés de trois genres, Ostreococcus, Micromonas, et Bathycoccus, et au moins un génome complet par genre est disponible. On possède ainsi pour ce système hôte-virus les outils génomiques permettant la caractérisation de la diversité virale. Son étude dans des environnements contrastés permet d’estimer l’influence des facteurs environnementaux sur la diversité des virus. C’est l’objectif du projet DECOVIR. La diversité génétique des hôtes est également mesurée de la même façon, et incluse dans l’analyse. Ce projet combine des données génomiques récentes avec les techniques de séquençage de nouvelle génération, afin d’obtenir une image précise de la diversité d’un groupe de virus, son évolution dans le temps, et ses liens avec les facteurs environnementaux.

 

Retombées et perspectives

  • Publications scientifiques en cours
  • 2 communications dans des congrès internationaux

 

 

 

Porteur du projet
Université Pierre et Marie Curie / Observatoire Océanologique de Banyuls
Partenaires industriels
Université de Lyon-1/Evolutionary Biology and Biometry Laboratory
Partenaires recherche
Budget
1 100 K€
Année de labellisation
2012
Année de cofinancement
2012